Die kleinste vorhandene Unterteilung eines Flussgebietes wird als Basiseinzugsgebiet bezeichnet. Diese Gebiete sind für ganz Baden-Württemberg flächendeckend abgegrenzt worden. Es werden 4 Gebietstypen unterschieden: Einzugs-, Quell-, Zwischen- und Mündungsgebiete. Die hydrologisch übergeordneten Gebiete werden aus den Basisgebieten aggregiert. Die Verschlüsselung und die Aggregierungslogik ergibt sich aus der "Richtlinie für die Gebiets- und Gewässerverschlüsselung" (LAWA, 2005).
Unterschieden werden Flusswasserkörper und Seewasserkörper. Flusswasserkörper werden in Baden-Württemberg als bewirtschaftbare Flächen (management units) betrachtet mit dem Ziel, ökologisch funktionsfähige Lebensräume für heimische Arten herzustellen. Alle Fließgewässer mit einem Einzugsgebiet größer 10 km² gehören zum Wasserkörper. Flüsse werden im Regelfall mit ihrem Einzugsgebiet zusammen betrachtet, d.h. zum Wasserkörper gehören neben dem Hauptgewässer(abschnitt) mit seinen Nebengewässern auch die abflussliefernden Flächen. Aufgrund ihrer übergeordneten Bedeutung werden Ströme und große Flüsse vom zugehörigen Einzugsgebiet abgetrennt und als eigene Wasserkörper betrachtet. Alle Seen > 50 ha werden als Seewasserkörper betrachtet.
Ein Flusswasserkörper wurde nach fachlichen wasserwirtschaftlichen Kriterien abgegrenzt. Die Größe sollte eine effiziente wasserwirtschaftliche Bewirtschaftung ermöglichen und ca. 300 km ² betragen. Folgende Kriterien wurden u.A. berücksichtigt: - naturräumliche Gliederung - biozönotische Grundausprägung - Anwendbarkeit des Nähstoffbilanzmodells MONERIS-BW - gewässerstrukturelle Besonderheiten - relevante Längszonierungen u. limnologische Aspekte
Im Rahmen des "Energieatlas Baden-Württemberg" wurden für die Einzugsgebiete Neckar, Donau, Hochrhein, Main, Oberrhein und Bodensee/Alpenrhein eine Potenzialanalyse für die Wasserkraft erstellt. Dabei wurde von Herbst 2008 bis 2016 das Potenzial der Wasserkraft an Standorten bis 1 MW systematisch untersucht, ausgenommen der schiffbare Abschnitt zwischen Plochingen und Mannheim im Neckar-Einzugsgebiet, dessen Wasserkraftanlagen durchweg eine Leistung von mehr als 1 MW aufweisen. Zur Ermittlung der Wasserkraftpotenziale wurden an fischökologischen Erfordernissen orientierte standardisierte Festlegungen zu ökologischen Abflüssen getroffen, insbesondere anhand des Wasserkrafterlasses Baden-Württemberg.
Heilquellenschutzgebiete können im Einzugsgebiet von Heilquellen zu deren besonderem Schutz ausgewiesen sein. Erfasst, ausgewiesen und fortgeschrieben werden diese nach § 53 WHG und § 45 WG. Sie bestehen aus verschiedenen Heilquellenschutzgebietszonen (QSG-Zonen), die nach qualitativen oder quantitativen Aspekten eingeteilt sein können. Qualitative Schutzzonen - Zone I (Fassungsbereich) - Zone II (Engere Schutzzone) - Zone III (Weitere Schutzzone - innerer Bereich) - Zone IV (Weitere Schutzzone äußerer Bereich) Quantitative Schutzzonen - Zone A (Innere Zone) - Zone B (Äußere Zone) - Zone C - Zone D Aus den QSG-Zonen wird das Heilquellenschutzgebiet als Umring gebildet. Differenziert wird nach festgesetzten, vorläufig angeordneten und nicht festgesetzten Gebieten. Der im Internet veröffentlichte Datenbestand enthält die rechtskräftig festgesetzten und vorläufig angeordneten Heilquellenschutzgebiete in Baden-Württemberg. Für die Geometriedaten dient das Amtliche Liegenschaftskatasterinformationssystem (ALKIS) als Erfassungsgrundlage.
Für den "Energieatlas Baden-Württemberg" wurden die Standorte der bestehenden Wasserkraftanlagen sowie Regelungs- und Sohlenbauwerke der Einzugsgebiete Neckar, Donau, Hochrhein und Bodensee/Alpenrhein aus dem Anlagenkataster Wasserbau (AKWB) übernommen. Erfasst sind hier Wasserkraftanlagen einschließlich der Kleinwasserkraftanlagen. Dabei kann es sich um Flusskraftwerke (im Flusslauf errichtetes Wasserkraftwerk, DIN 4048 Teil 2, DIN 19752) oder Umleitungskraftwerke (Wasserkraftwerk, bei dem die am Absperrbauwerk vorhandene Fallhöhe durch Umleitung erhöht wird, DIN 4048 Teil 2, DIN 19752) handeln. Sohlenbauwerke sind nach DIN 4047 Teil 5 bzw. DIN 19661 Teil 2: Sohlenstufen: Absturz, Absturztreppe, Sohlenrampe, Sohlengleite und Schwellen: Stützwehr, Grundschwelle, Sohlenschwelle. Diese Bauwerke sind für die Gewässerbeschreibung (Gefälle, Durchgängigkeit) von Bedeutung. Sie spielen bei den Gewässerentwicklungsplanungen und bei der Bestandsaufnahme für die Wasserrahmenrichtlinie eine wichtige Rolle. Regelungsbauwerke (Beispiele: verschiedene Typen von Wehranlagen oder Schützen) sind für die Gewässerbeschreibung von Bedeutung und spielen bei der Gewässerentwicklung (Gewässerentwicklungskonzept, Gewässerentwicklungsplan), der Wasserrahmenrichtlinie und den Hochwassergefahrenkarten eine Rolle.
Die Fließgewässer werden grundsätzlich auf der Grundlage eines in der Bund-Länder-Arbeitsgemeinschaft Wasser (LAWA) bundesweit abgestimmten Verfahrens biozönotisch relevanten Fließgewässertypen zugeordnet (s. https://www.wasserblick.net/servlet/is/18727/) Nach diesem Verfahren wurde 2004 die erste Fließgewässertypenkarte Baden-Württembergs auf der geometrischen Basis des AWGN (Stand 2010) in Form einer ESRI-Shapedatei erstellt. 2012 erfolgte eine erste grundlegende Überarbeitung und die Anpassung an das aktuelle AWGN (Stand 2012). 2019/20 erfolgte eine weitere Überarbeitung, wobei die meisten Änderungen das Oberrhein-Tiefland betreffen. Für diese in typologischer Hinsicht problematische Region wurde, unter Beachtung der LAWA-Grundsätze, ein landesspezifisches Konzept zur Typisierung entwickelt. Außerdem erfolgte für den landesweiten Datensatz eine Anpassung an das AWGN (Stand 2019). Zur Fließgewässertypologie in BW werden zwei Datensätze(shapes)bereitgestellt: im Internet (Umweltdaten-Online) das Shape "Biozönotisch bedeutsamer Fließgewässertyp" mit den 2020 veröffentlichten Ergebnissen, nur für die Behördeninterne Verwendung (BRS) zusätzlich auch das shape "Biozönotisch bedeutsamer Fließgewässertyp 2012". Die Hintergründe der Überarbeitungen werden jeweils in einem Bericht erläutert. Der Bericht für die Aktualisierung 2020 ist seit Juni 2021 in den LUBW-Publikationen (https://pudi.lubw.de/) veröffentlicht. Die Berichte sind zu finden über den Suchbegriff Typologie. Der biozönotisch bedeutsame Fließgewässertyp fließt unmittelbar in die Bewertung der biologischen Qualitätskomponente Makrozoobenthos nach EU-Wasserrahmenrichtlinie ein und wird daher in erster Linie für die Gewässer ermittelt, die für die Wasserrahmenrichtlinie relevant sind (Einzugsgebiet größer als 10 km²). Bei den pflanzlichen (Teil-) Komponenten Phytoplankton, Phytobenthos ohne Diatomeen und Diatomeen dient der biozönotisch bedeutsame Fließgewässertyp als Grundlage zur Ableitung der Bewertungstypen. Ferner fließt der biozönotisch bedeutsame Fließgewässertyp auch in die Auswertung der physikalisch-chemischen Qualitätskomponenten ein.
Das Rheingebiet wurde in neun Bearbeitungsgebiete unterteilt, wovon Baden-Württemberg aufgrund seiner geographischen Lage als einziges deutsches Bundesland Anteile an fünf Bearbeitungsgebieten hat: Alpenrhein/Bodensee, Hochrhein, Oberrhein, Neckar und Main. Ein weiteres Bearbeitungsgebiet in Baden-Württemberg ist das Donaueinzugsgebiet.